2014 yılından beri Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde Öğretim Üyesi olan Dr Aytekin, 2014 yılında Doçent Dr, 2021 yılında da Profesör Dr ünvanını almıştır. 2014-2019 yılları arasında Ankara Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde Ortopedi ve Travmatoloji Uzmanı olarak çalışmış ve bu hastanede Ortopedik Kanser ameliyatlarını yapan ilk cerrah olmuştur. 2019-2021 yılları arasında da Ankara Şehir Hastanesi’nde hekimlik görevini icra etmiş ve yine bu hastanede de Ortopedik Onkoloji alanında birçok ilke imza atmıştır. Halen Medicana International Ankara Hastanesi’nde hekimlik sanatını icra etmektedir.

Prof. Dr. M. Nedim Aytekin akademik çalışmaları kapsamında Amerika Birleşik Devletleri’nin alanında en önemli hastanelerinden olan “Hospital for Special Surgery” ve “Memorial Sloan Kettering Cancer Center, NY’’ da araştırmacı ve misafir hekim olarak bulunmuştur.