KH. Muhammad El Hussein mengenyam ilmu pendidikan agama di Pondok Pesantren Krapyak Munawwir, Yogyakarta. Selain di Ponpes Krapyak, beliau juga pernah belajar di beberapa pondok lainnya.

Salah satu guru beliau yang masyhur adalah KH. Zainal Abidin Munawwir Krapyak, atau biasa dipanggil dengan sebutan Mbah Zainal yang juga merupakan paman beliau.

Abah Hussein / Gus Hussein, begitu juga terkadang beliau sering dipanggil, hingga kini masih aktif mengajar di Pondok Krapyak dan juga mempunyai jadwal mengajar di luar pondok.

KH. Muhammad El Hussein juga merupakan pengasuh majelis dzikir Asmaul Husna bersama KH. Ikram bin Ahmad dan H. Cholis Al Ghofur di kampung Nitiprayan (Ngestiharjo, Kasihan, Bantul). Beliau juga menjabat sebagai Rois Syuriyah NU Tirtonirmolo.

Selain itu, abah Hussein juga menjadi pengasuh majelis Sholawat Al Fatih bersama bapak Moelyono dan teman-teman di Tirtonirmolo. Bersama sesepuh-sesepuh di tiap kampung inilah abah Hussein mengenalkan Islam kepada masyarakat.