Magdalena Kožená és una mezzosoprano txeca.
Va començar cantant amb el cor de joves de l'Orquestra Filharmònica de Brno. Després d'estudiar veu i piano al conservatori de Brno i a l'Acadèmia d'Arts Escèniques de Bratislava, amb la professora Eva Bláhová. Es llicencià el 1995.
L'any 1995 va guanyar el Sisè Concurs Internacional de Mozart a Salzburg i durant la temporada següent, 1996-97, s'incorporà a l'Òpera Popular de Viena. Actua sovint al festival Primavera de Praga i al festival Concentus Moraviae.
L'any 2004 va ser nomenada Artista de l'Any per Gramophone, la revista mensual britànica del mateix nom, i després n'obtingué d'altres: el Premi Echo‚ el Record Academy Prize o el Diapason d'or, per exemple. L'any 2003 Magdalena Kožená va ser nomenada Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres pel govern francès.
Està casada amb el director d'orquestra Simon Rattle.